Bazel 會使用在樹狀目錄 (名為工作區) 中的原始碼建構軟體。工作區中的來源檔案會整理成套件的巢狀階層，每個套件都是一個目錄，包含一組相關來源檔案和一個 BUILD 檔案。BUILD 檔案會指定可從來源建構哪些軟體輸出內容。
Workspace
「工作區」是檔案系統上的目錄樹狀結構，包含您要建構的軟體的來源檔案。每個工作區都有一個名為 WORKSPACE 的文字檔案 (可以是空白)，或是包含建構輸出內容所需的外部依附元件參照。
包含名為 WORKSPACE 檔案的目錄會視為工作區的根目錄。因此，Bazel 會忽略位於包含 WORKSPACE 檔案的子目錄的工作區中的任何目錄樹狀結構，因為這些目錄會形成另一個工作區。
Bazel 也支援 WORKSPACE.bazel 檔案做為 WORKSPACE 檔案的別名。如果兩個檔案都存在，系統會使用 WORKSPACE.bazel。
存放區
程式碼彙整在存放區中。包含 WORKSPACE 檔案的目錄是主要存放區的根目錄，也稱為 @。其他 (外部) 存放區是使用工作區規則在 WORKSPACE 檔案中定義，或是透過 Bzlmod 系統中的模組和擴充功能產生。詳情請參閱外部依附元件總覽。
關於 Bazel 隨附的工作區規則，皆記錄在「建構百科全書」的「工作區規則」部分，以及內嵌 Starlark 存放區規則的說明文件。
由於外部存放區本身就是存放區，因此通常也包含 WORKSPACE 檔案。不過，Bazel 會忽略這些額外的 WORKSPACE 檔案。請特別注意，系統不會自動新增間接依附的存放區。
套件
存放區中程式碼組織的主要單位是套件。套件是一系列相關檔案，以及這類套件如何用於產生輸出構件的規格。
套件定義為包含 BUILD 檔案且名為 BUILD 或 BUILD.bazel 的目錄。套件包含其目錄中的所有檔案，以及其下的所有子目錄，除了內含 BUILD 檔案的子目錄以外。根據這個定義，任何檔案或目錄都不能是兩個不同套件的一部分。
例如，下列目錄樹狀結構中有兩個套件：my/app 和子套件 my/app/tests。請注意，my/app/data 並非套件，而是隸屬於 my/app 套件的目錄。
src/my/app/BUILD
src/my/app/app.cc
src/my/app/data/input.txt
src/my/app/tests/BUILD
src/my/app/tests/test.cc
目標
套件是「目標」的容器，定義於套件的 BUILD 檔案。大部分目標都是以下兩種主體之一：檔案和規則。
檔案再分為兩類。來源檔案通常是由人員所編寫，並簽入存放區。產生的檔案 (有時稱為衍生檔案或輸出檔案) 不會登錄，而是從來源檔案產生。
第二種目標是透過規則宣告。每個規則執行個體都會指定一組輸入和一組輸出檔案之間的關係。規則的輸入內容可能是來源檔案，但也可能是其他規則的輸出內容。
在大部分情況下，規則的輸入內容是來源檔案或產生的檔案，不會有任何影響；唯一重要的是該檔案的內容。這樣做可以讓您輕鬆將複雜的來源檔案替換為規則產生的檔案，例如，手動維護高度結構化檔案的負擔變得太過累人，而有人編寫程式來產生這個檔案時，就會發生這種情形。這個檔案的使用者無須進行任何變更。相反地，產生的檔案可以輕鬆替換為僅有本機變更的來源檔案。
規則的輸入可能也會包含其他規則。這類關係的精確含義通常相當複雜，並且與語言或規則有關，但直覺上很簡單：C++ 程式庫規則 A 可能有另一個用於輸入的 C++ 程式庫規則 B。這項依附元件的影響在於 A 的標頭檔案可在編譯期間取得，A 可以在連結期間使用 B 的符號，而 A 會在執行期間取得 B 的執行階段資料。
但所有規則的例外是，規則產生的檔案一律會與規則本身屬於相同的套件；您無法將檔案產生到其他套件中。然而，規則的輸入內容通常不會來自其他套件。
套件群組是一組套件，用來限制特定規則的存取性。套件群組是由 package_group 函式定義。這些套件有三個屬性：所含套件清單、名稱，以及納入的其他套件群組。參照這些變數的唯一方法，就是從規則的 visibility 屬性或 package 函式的 default_visibility 屬性；它們不會產生或使用檔案。詳情請參閱 package_group 說明文件。