Bazel 會根據原始碼建構軟體，這些原始碼以目錄樹狀結構 (稱為「存放區」) 進行排序。工作區由一組已定義的存放區組成。存放區中的來源檔案會以套件巢狀階層的方式排序，其中每個套件都是一個目錄，內含一組相關來源檔案和一個 BUILD 檔案。BUILD 檔案會指定可從來源建立哪些軟體輸出內容。
存放區
Bazel 建構作業中使用的來源檔案會整理在存放區中 (通常簡稱為repos)。存放區是包含根目錄邊界標記檔案的目錄樹狀結構；此邊界標記檔案可以是 MODULE.bazel、REPO.bazel，或是在舊版情境中的 WORKSPACE 或 WORKSPACE.bazel。
執行目前 Bazel 指令的 repo 稱為主要 repo。其他 (外部) 存放區則由存放區規則定義；詳情請參閱外部依附元件總覽。
工作區
工作區是指從同一個主要存放區執行的所有 Bazel 指令所共用的環境。包含主要存放區和所有已定義的外部存放區。
請注意，過去「存放區」和「工作區」的概念經常會混淆；「工作區」一詞經常用來指主要存放區，有時甚至會用作「存放區」的同義詞。
套件
存放區中程式碼組織的主要單位是套件。套件是一組相關檔案，以及如何使用這些檔案產生輸出項目的規格。
套件定義為包含名為 BUILD 或 BUILD.bazel 的 BUILD 檔案的目錄。套件包含目錄中的所有檔案，以及其下方的所有子目錄，但不包含本身含有 BUILD 檔案的子目錄。根據這個定義，任何檔案或目錄都不能同時屬於兩個不同的套件。
舉例來說，在下列目錄樹狀結構中，有兩個套件 my/app 和子套件 my/app/tests。請注意，my/app/data 不是套件，而是屬於套件 my/app 的目錄。
src/my/app/BUILD
src/my/app/app.cc
src/my/app/data/input.txt
src/my/app/tests/BUILD
src/my/app/tests/test.cc
目標
套件是目標的容器，這些目標是在套件的 BUILD 檔案中定義。大多數的目標都屬於兩種主要類型之一：檔案和規則。
檔案可進一步分為兩種。來源檔案通常是由人手寫入，並提交至存放區。產生的檔案 (有時稱為衍生檔案或輸出檔案) 不會簽入，而是由來源檔案產生。
第二種目標會使用規則宣告。每個規則例項都會指定一組輸入內容與一組輸出檔案之間的關係。規則的輸入內容可能是來源檔案，但也可能是其他規則的輸出內容。
在大多數情況下，規則的輸入內容是來源檔案或產生的檔案並不重要，重要的只有該檔案的內容。因此，您可以輕鬆將複雜的原始檔案，替換為規則產生的檔案，例如當手動維護高度結構化的檔案變得太過繁重，而有人編寫程式來衍生檔案時。您不需要對該檔案的使用者進行任何變更。反之，產生的檔案很容易被僅有本機變更的來源檔案取代。
規則的輸入內容也可能包含其他規則。這類關係的確切意義通常相當複雜，且取決於語言或規則，但從直覺上來說，這很簡單：C++ 程式庫規則 A 可能會使用另一個 C++ 程式庫規則 B 做為輸入內容。這個依附元件的效果是，A 在編譯期間可使用 B 的標頭檔案、在連結期間可使用 B 的符號，以及在執行期間可使用 B 的執行階段資料。
所有規則的變異數是，由規則產生的檔案一律會與規則本身屬於相同的套件；無法將檔案產生至其他套件。不過，規則的輸入內容來自其他套件並不少見。
套件群組是一組套件，目的是限制特定規則的存取權。套件群組是由 package_group 函式定義。它們有三個屬性：所含套件清單、名稱和所含其他套件群組。您只能透過規則的 visibility 屬性或 package 函式的 default_visibility 屬性參照這些屬性，這些屬性不會產生或使用檔案。詳情請參閱 package_group 說明文件。